コントローラの認識は電源を入れる度に行う

情報元：とかいろいろ
http://bb.watch.impress.co.jp/cda/special/15818.html

PS3では、Bluetooth接続によるワイヤレスコントローラが標準で同梱される。ただし、起動時にはワイヤレスコントローラを本体に認識（ペアリング）させるため、USBケーブルで本体とワイヤレスコントローラを接続する必要がある。ケーブル接続後にコントローラ中央のプレイステーションボタンを押すと認識作業が開始され、認識されたコントローラは電源を落とさない限りはそのまま利用可能。ただし、一旦電源を落とした場合は再度USB接続での認識作業が必要になる。

これは勿論主電源の事ですよね、もしも前の電源ボタンを切っただけでダメだとしたら、かなりダメだと思いますが、きっと何か素晴らしい仕様の為の布石なんですね。